Strain-level transmission inference across multi-kingdom metagenomic data using TRACS.

著者が報告した結果

TRACSはFMTdatasetsとsimulationで既存法より優れ、複数kingdomの患者sequencingで伝播networkを推定した。母児腸metagenomeでは以前多株で見逃された乳児B.breveの持続を同定した。

著者の結論

多kingdomで菌株dynamicを明らかにできる方法と述べた。

研究の条件

研究デザイン

TRACS遺伝距離推定とFMT/病原体/母児metagenome解析

対象者・研究対象

患者microbial sequencingと母児cohort（人数未提供）

原資料の材料・成分名

各種microbial strains、B.breve

比較条件

既存推定法・simulationとの比較

成分名は原資料の表現を保持しています。異なる形態・製剤の研究結果を、そのまま同じ成分の商品に当てはめることはできません。

研究の限界・確認できた範囲

取得済み提供欄を末尾まで実読。著者抄録全体の完全性はunknown、本文・表・補遺・登録資料は未読。個別解析N、単位、CI、比較の未提供値は補完しない。 人腸菌・FMT/伝播の方法contextとして関連し、B.breve投与試験や健康効果を測定した資料ではない。菌存在持続と症状改善を混同しない。

読み取りの補足

人腸菌・FMT/伝播の方法contextとして関連し、B.breve投与試験や健康効果を測定した資料ではない。菌存在持続と症状改善を混同しない。