QIIME2 enhances multi-amplicon sequencing data analysis: a standardized and validated open-source pipeline for comprehensive 16S rRNA gene profiling.

著者が報告した結果

multi-region解析は商用出力とほぼ一致し、再現性R=.99、P<.0001と報告した。小児癌患者と介護者の糞便には、親に似た微生物叢を持つ子供で異なるB.bifidum/B.adolescentis variantsが見られた。

著者の結論

著者は再現性のあるopen-source解析枠組みを提示し、透明性・再現性のためopen-source採用が必要と述べた。

研究の条件

研究デザイン

QIIME2/Rパイプライン開発・benchmarkと小児患者家族検証

対象者・研究対象

mock community5、子供・介護者ペア12

原資料の材料・成分名

16S配列解析、B.bifidum/B.adolescentis variants

比較条件

多領域V2–9対単一領域・商用ソフト

期間

採取期間未提供

成分名は原資料の表現を保持しています。異なる形態・製剤の研究結果を、そのまま同じ成分の商品に当てはめることはできません。

研究の限界・確認できた範囲

提供抄録のみ。菌の投与、患者臨床結果、採取期間未報告。

読み取りの補足

菌種は測定対象で、補給・健康改善を比較した研究ではない。臨床微生物叢の方法研究として成分関連contextを保持し、菌投与の効能票は作らない。